Prof. Ewa Budzyńska prowadziła zajęcia pt. „Międzypokoleniowe więzi w rodzinach światowych”. Dotyczyły one odmienności kulturowych w rodzinach wyznawców różnych religii. Po zajęciach na temat rodziny w kontekście nauki chrześcijańskiej, grupa studentów złożyła do władz uczelni skargę na prof. Budzyńską. Nie spodobało im się m.in. nazwanie człowieka w prenatalnej fazie rozwoju dzieckiem czy pokazanie badań wskazujących na negatywny wpływ opieki żłobkowej na rozwój dzieci. Studentów oburzyło także przedstawienie definicji małżeństwa jako związku kobiety i mężczyzny. Zaprotestowali również wobec prezentacji wyników badań pokazujących skutki pozostawania dzieci w konkubinatach jednopłciowych. Ich sprzeciw dotyczył, ponadto krytycznego stosunku prof. Budzyńskiej do eutanazji oraz jej rzekomego „antysemityzmu”, który miał się objawiać w przytoczeniu dowcipu zaczerpniętego z kultury żydowskiej.

W związku z tymi zarzutami, Rzecznik Dyscyplinarny UŚ prof. Wojciech Popiołek wszczął postępowanie wyjaśniające w sprawie „podejrzenia popełnienia czynów uchybiających obowiązkom i godności nauczyciela akademickiego”. Po zakończeniu czynności uznał on za niezasadny zarzut rzekomego antysemityzmu socjolog oraz prezentowania „informacji niezgodnej z aktualnym stanem naukowym”. Mimo to, skierował do Uczelnianej Komisji Dyscyplinarnej wniosek o wszczęcie postępowania dyscyplinarnego i ukaranie prof. Budzyńskiej karą nagany.

Postępowanie dyscyplinarne zostało wszczęte, pomimo oczywistych błędów oraz braków w postępowaniu wyjaśniającym prowadzonym przez Rzecznika Dyscyplinarnego. Prof. Wojciech Popiołek przesłuchał bowiem tylko niektórych studentów spośród tych, którzy złożyli skargę. Dochodziło nawet do takich sytuacji, jak okazywanie świadkowi protokołu z zeznaniami poprzednika oraz wydawanie świadkom protokołów z ich zeznaniami, aby na tej podstawie wyprowadzić wniosek o prawdziwości ich zeznań.  Pomimo niewielkiego zakresu czynności przeprowadzonych w toku postępowania wyjaśniającego, został przekroczony sześciomiesięczny termin, w którym Rzecznik powinien je zakończyć. Prof. Popiołek formalnie nie przedstawił też zarzutów prof. Budzyńskiej. 

W trakcie postępowania dyscyplinarnego doszło też do niejasnej zmiany całego składu Komisji, w tym wykluczenia członka NSZZ „Solidarność”. Komisja Dyscyplinarna oddaliła wszystkie przedstawione przez obrońców prof. Ewy Budzyńskiej wnioski dowodowe. Oznacza to, że dopuszczono wyłącznie wnioski dowodowe złożone przez oskarżyciela dyscyplinarnego, którym w dalszym ciągu jest prof. Wojciech Popiołek.  Dwóch członków Komisji Dyscyplinarnej UŚ przychyliło się do wniosku Rzecznika Dyscyplinarnego o ukaranie w związku z tym prof. Ewa Budzyńska została ukarana karą nagany. Zdanie odrębne złożył jeden z członków Komisji.

„Zarówno prof. Ewa Budzyńska, jak i jej obrońcy nie zgadzają się z orzeczeniem skazującym. W naszej ocenie stanowi ono zamach na konstytucyjną wolność akademicką. Utrzymanie tego orzeczenia może zaś prowadzić do wytworzenia się niezwykle niebezpiecznego precedensu, a w konsekwencji nawet do uwstecznienia w środowisku naukowym. Podstawowym celem, jakim nauczyciel akademicki powinien bowiem kierować się w swojej pracy naukowej jest poszukiwanie prawdy z uwzględnieniem przy prowadzeniu wszelkich badań naukowych i publikowanie ich wyników zasady rzetelności naukowej. Nie można dopuścić, aby naukowiec kierując się strachem przed zaprzepaszczeniem całej kariery naukowej okupionej ciężką pracą nad tworzeniem swojego dorobku naukowego był podatny na ideologiczne naciski mające na celu ocenzurowania jego wyników badań czy też ingerencji w ich treść” – wskazuje adw. dr Bartosz Lewandowski Dyrektor Centrum Interwencji Procesowej Ordo Iuris.