W czerwcu 1947 roku Skalski wrócił do Polski. W gdyńskim porcie był witany z honorami należnymi bohaterskiemu lotnikowi. Jednak tylko rok „odrodzone” Wojsko Polskie pozwoliło mu szkolić młodych pilotów. Po aresztowaniu Józef Różański powiedział mu: „Nie róbcie zdziwionej miny, wiemy, że jesteście rezydentem wywiadu amerykańskiego. Dla waszego dobra radzę wam mówić prawdę”. A ponieważ „prawdy” mówić nie chciał, przeszedł bardzo ciężkie śledztwo.

Tak Skalski zapamiętał swój proces, który odbył się w więzieniu przy ul. Rakowieckiej 37 w Warszawie: „Był akurat Wielki Piątek. Jak mnie wywoływali z celi, akurat oddziałowy wydawał obiad. Zdążyłem go wziąć, ale nie zdążyłem zjeść. […] Wróciłem, to jeszcze zupa była ciepława”. Zapamiętał, że „sądził” go major Mieczysław Widaj, były AK-owiec, a po wojnie kat AK-owców, potwierdzając kłamliwe tezy oskarżycielskie, że Skalski był szpiegiem: „Do niczego w śledztwie, jak i na rozprawie, się nie przyznałem. Mimo to Widaj zawyrokował: «Sąd Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej uznaje Stanisława Skalskiego, byłego majora WP, za winnego działalności szpiegowskiej na rzecz Anglii i Stanów Zjednoczonych i za to skazuje go na karę śmierci...»”. Skalski – w przeciwieństwie do wielu innych więźniów stalinowskich – miał szczęście: został „ułaskawiony” przez Bieruta na dożywocie, ale przez rok czekał na wykonanie wyroku. Przetrzymywany w ciężkich więzieniach w Rawiczu i we Wronkach na wolność wyszedł w 1956 roku i został całkowicie zrehabilitowany.

Tuż przed wojną Stanisław Skalski ukończył słynną Szkołę Orląt w Dęblinie. Przyjmuje się, że 1 września 1939 roku odniósł pierwsze zwycięstwo nad Niemcami podczas II wojny światowej, zestrzeliwując samolot rozpoznawczy Henschel Hs 126. Od kiedy 27 stycznia 1940 roku przybył do Anglii, zaczęła się jego wyjątkowa kariera pilota w Królewskich Siłach Powietrznych. Jego eskadrę nazywano „Cyrkiem Skalskiego”. Wkrótce, strącając pięć nieprzyjacielskich maszyn, został asem myśliwskim. Odznaczony był Złotym i Srebrnym Krzyżem Virtuti Militari i czterokrotnie Krzyżem Walecznych. Po odzyskaniu wolności w 1956 roku początkowo odmawiał wstąpienia do wojska. Ostatecznie wrócił do służby w Sztabie Wojsk Lotniczych i Obrony Kraju. Mimo nacisków nigdy nie wstąpił do PZPR. O stosunku do niego władz III RP napisał: „Obchody 50. rocznicy lądowania aliantów w Normandii. Duża delegacja naszych wojskowych, najwyższych urzędników, obowiązkowo z rodzinami, kompania reprezentacyjna. Dla mnie niestety miejsca nie znaleziono”. Zapomniany w wolnej Polsce, pozbawiony przez „przyjaciół” mieszkania i oszczędności Stanisław Skalski zmarł w 2004 roku w domu opieki, dzień po rocznicy odzyskania przez Polskę niepodległości.