Urodził się 18 grudnia 1936 roku w Starogardzie Gdańskim. W roku 1964 po ukończeniu seminarium duchownego otrzymał święcenia kapłański z rąk biskupa Edmunda Nowickiego. 17 marca 1970 roku ks. Jankowski objął stanowisko proboszcza parafii św. Brygidy w Gdańsku. Pierwszoplanowym zadaniem była odbudowa kościoła, który został podpalony w marcu 1945 roku przez żołnierzy Armii Czerwonej. Kościół został odbudowany w 1973 roku, a w 1975 urządzono jego wnętrza przywracając jego zabytkowy wygląd. 17 sierpnia 1980 roku ks. Henryk Jankowski odprawił mszę św. dla strajkujących robotników Stoczni Gdańskiej i od tego czasu był związany z „Solidarnością”, co skutkowało tym, że ks. Henryk był pod obserwacją Departamentu IV MSW, który zajmował się inwigilacją duchowieństwa. W stanie wojennym kościół św. Brygidy był bastionem „Solidarności” skąd szerokim strumieniem płynęła pomoc zarówno prawna, jak i materialna dla osób internowanych oraz więzionych. Od 1983 roku rozpoczął organizowanie wraz z ks. Jerzym Popiełuszką pielgrzymek ludzi pracy na Jasną Górę.

Uroczystości pogrzebowe legendarnego kapelana „S” odbyły się 17 lipca 2010 roku w kościele św. Brygidy w Gdańsku pod przewodnictwem arcybiskupa Sławoja Leszka Głódzia. Wraz z duchowieństwem ks. Henryka żegnały tysiące ludzi, wśród których nie mogło zabraknąć członków „Solidarności”. Zmarłemu dziękował przewodniczący „Solidarności” Janusz Śniadek tymi słowami:

„ Byłeś jak Solidarność – dumny i niepokorny, ale kochający Polskę i pochylający się nad człowiekiem. Żegnamy w Tobie niezwykłego kapłana. W czasach bezprawia, podczas nocy stanu wojennego, uczyniłeś z tej świątyni sanktuarium wolności. Tutaj, w świętej Brygidzie Polska zawsze była wolna”.

Ksiądz prałat Henryk Jankowski pozostał do końca przyjacielem „Solidarności”. Jeszcze na miesiąc przed śmiercią, schorowany, spotkał się w czerwcu 2010 r. ze związkowcami na Walnym Zebraniu Delegatów NSZZ Solidarność Regionu Gdańskiego. W lipcu ci, którzy pamiętają o dziele prałata złożą mu oznaki szacunku w trzecią rocznicę jego śmierci. Ks. prałat Henryk Jankowski zmarł 12 lipca 2010 r.  w swoim pokoju na plebanii kościoła św. Brygidy.