12 kwietnia 2010 r. pojawił się pierwszy raz na Krakowskim Przedmieściu. Pary prezydenckiej, Marii i Lecha Kaczyńskich, w pałacu już nie było. Trumny z ich ciałami zostały wystawione na widok publiczny po powrocie ze Smoleńska następnego dnia. 15 kwietnia przed pomnikiem księcia Józefa Poniatowskiego stanął krzyż, przyniesiony przez harcerzy, by upamiętnić w tym miejscu 96 ofiar narodowej tragedii. Ale wielu wpływowym krzyż bardzo się nie podobał. I tak ksiądz Stanisław Małkowski został księdzem od krzyża. Problemów z tego tytułu miał zresztą bez liku.

O Smoleńsku mówił: „Jestem absolutnie przekonany, że jest to zbrodnia z zimną krwią wykonana. […] W normalnym kraju byliby osądzeni i dostaliby najwyższy wyrok. Mam tu na myśli Tuska, Komorowskiego, Arabskiego, Bogdana Klicha i szereg ich wspólników. Proces powinien to wykazać, ale kto ten proces w Polsce przeprowadzi? Wiemy, jakie są sądy, jaka jest prokuratura…”.

Ale dla księdza Stanisława kłopoty to chleb powszedni. Swoją niezłomność wobec Boga i Ojczyzny okazał chyba pierwszy raz podczas protestów studenckich w marcu 1968 r., kiedy studiując socjologię, został czasowo relegowany z Uniwersytetu Warszawskiego. Siedem lat później był jednym z 59 sygnatariuszy listu do Sejmu PRL przeciwko wpisaniu do konstytucji kierowniczej roli PZPR i wieczystego sojuszu z ZSRS. Potem współpracował z Komitetem Obrony Robotników, Ruchem Obrony Praw Człowieka i Obywatela czy Komitetem Samoobrony Chłopskiej Ziemi Grójeckiej.

Brał udział w głodówkach opozycjonistów w kościołach św. Marcina i Świętego Krzyża w Warszawie. W pamiętnym sierpniu 1980 r. nie mogło go zabraknąć w Stoczni Gdańskiej. W stanie wojennym – jako jedyny duchowny katolicki w Warszawie – został zatrzymany przez bezpiekę, ale internowania uniknął, dzięki czemu mógł pełnić misję jednego z kapelanów podziemnej Solidarności. Jego przyjaciela – księdza Jerzego Popiełuszkę – komuniści zamordowali, choć to ksiądz Stanisław był pierwszy na liście do odstrzału. „Dziś ks. Jerzy Popiełuszko, gdyby żył i kontynuował swoją misję, byłby ciągany przez byłych ubeków po sądach, a «Gazeta Wyborcza» oskarżałaby go o «upolitycznienie»” – mówił w jednym z wywiadów.

Msze za Ojczyznę w Warszawie – pod Krzyżem Romualda Traugutta, w Olszynce Grochowskiej, przy Pomniku Gloria Victis na Powązkach Wojskowych, w końcu w kościele św. Stanisława Kostki – gromadziły tłumy wiernych, ale także złość władz świeckich i kościelnych. Już w wolnej Polsce przybywał na „Łączkę”, by modlić się wraz z nami za powodzenie wydobycia polskich bohaterów z bezimiennych dołów śmierci.

Zawsze pomagał potrzebującym, chorym, zbłąkanym, zabijanym. Jak dziś mówi, był po prostu tam, gdzie go potrzebowali.