12 lipca 1944 r. Krzyżanowski wysłał do Komendy Głównej AK depeszę: „Oceniam, że w ostatecznych zamiarach Rosji leży likwidacja naszych oddziałów”. „Wilk” zarządził koncentrację – ok. 15 tys. żołnierzy – w Puszczy Rudnickiej. W kolejnej depeszy tak to tłumaczył: „Chcę wywalczyć [poprzez zademonstrowanie liczebności i zwartości oddziałów] uznanie nas przez Sowiety jako AK. (...) Za wszelką cenę nie dam się rozbroić lub rozbić; w wypadku dążenia Sowietów do wyniszczenia elementu polskiego, stanę w jego obronie”.
12 lipca „Wilk” otrzymał zaproszenie do sztabu generała Czerniachowskiego. Roman Korab-Żebryk (w książce „Operacja wileńska AK”) pisze: „Krzyżanowski zgłosił gotowość natychmiastowej dalszej współpracy taktycznej wszystkimi siłami pozostającymi w jego dyspozycji, podkreślając, że w oddziałach AK panuje powszechna chęć walki z Niemcami”. W odpowiedzi Sowieci wspomnieli tylko o możliwości doraźnego wykorzystania drobnych oddziałów AK jako zwiadowców. „Wilk” warunków nie przyjął.
14 lipca na kolejnym spotkaniu, już po zdobyciu Wilna przez Sowietów, ich stanowisko uległo niespodziewanej zmianie. Korab-Żebryk: „Generałowie radzieccy wyrażali uznanie dla działań Armii Krajowej zarówno w okresie partyzanckim, jak i walk przy boku Armii Czerwonej. (...) po zakończeniu oficjalnej części odbyła się wystawna kolacja z wyszukanymi potrawami i trunkami, podczas której wznoszono niekończące się toasty za braterstwo broni i jedność słowiańską; przyjęcie to przeciągnęło się do białego rana”. 
Oddziały AK miały wejść w skład 3. Frontu Białoruskiego, ale pozostać pod własnym dowództwem – politycznie niezależne od władz londyńskich (ustępstwo „Wilka”) i od Berlinga (ustępstwo Sowietów). Podczas inspekcji 3. Brygady „Szczerbca” Krzyżanowski mówił: „Jesteśmy przedsionkiem Polski. Tak jak zachowa się względem nas Armia Czerwona, zachowa się też względem reszty kraju”.
Kiedy 17 lipca w siedzibie sztabu 3. Frontu Białoruskiego – willi przy ul. Kościuszki 14 w Wilnie – Krzyżanowski przedstawiał plan organizacji polskiego korpusu, generał Czerniachowski nagle wstał i powiedział: „Żadnego porozumienia nie będzie. Z polecenia rządu ZSRS mam was rozbroić”. „Wilk” zerwał się z krzesła ze słowami: „W imieniu Rzeczypospolitej – protestuję”.
Sowieci internowali również polskich oficerów zebranych na odprawie w Boguszach, a oddziały AK okrążyło NKWD. Kolejne Komendy Okręgu Wileńskiego AK też zostały rozbite. Z nowym okupantem walczyli nadal tylko nieliczni, m.in. major „Łupaszka”.