Chodziło o stworzenie, zgodnie z rozkazem Heinricha Himmlera, niemieckiego pasa wzdłuż ówczesnej granicy III Rzeszy ze Związkiem Sowieckim i bazy wypadowej dla germanizacji Ukrainy i Białorusi. W przejściowych obozach Polacy byli segregowani do pracy przymusowej, eksterminacji w obozach koncentracyjnych, część została zakwalifikowana do rasy panów (należało posiadać niemieckie cechy rasowe) i zgermanizowana. Dotyczyło to również polskich dzieci, które trafiały do niemieckiego obozu koncentracyjnego w Łodzi (wówczas Litzmannstadt).

Polacy oczywiście stawili opór. Pierwsze starcie żołnierzy Armii Krajowej z grupą pacyfikacyjną nastąpiło już 29 listopada, dwa dni po nalocie na Skierbieszów. Tego samego dnia inna grupa AK zaatakowała niemieckich nasiedleńców we wsi Udrycze. Kolejarze informowali o transportach śmierci do Auschwitz, Majdanka, Łodzi. Na trasie przejazdu mieszkańcy z narażeniem życia wykupywali szczególnie małoletnie ofiary. Opór przybrał charakter masowy i zbrojny. Polegał na samoobronie, przeciwdziałaniu ekspedycjom wysiedlającym. Wielka w tym rola komendanta głównego Batalionów Chłopskich Franciszka Kamińskiego. Partyzanci różnych formacji skutecznie walczyli z kolonizatorami, paląc zasiedlone przez nich wsie i uwalniając represjonowanych Polaków. 1 lutego 1943 r. Polacy stoczyli zwycięską bitwę pod Zaborecznem, która zapobiegła pacyfikacji tej wsi i powstrzymała na pół roku wysiedlenia Zamojszczyzny. Pokonany major Ernst Schweiger, dowódca I Zmechanizowanego Batalionu Żandarmerii, w swoim raporcie mówił o ataku 700–800-osobowego oddziału (naprawdę partyzantów było 250), używając terminu „powstanie”. Kolejni niemieccy dowódcy też pisali o „powstaniu zamojskim”, które zagraża nie tylko pacyfikacjom i wysiedleniom, ale całej III Rzeszy. W ciągu kilku miesięcy 1942 r. i 1943 r. z ok. 300 wsi Zamojszczyzny Niemcy wywieźli ponad 100 tys. mieszkańców, w tym ok. 30 tys. dzieci częściowo przeznaczonych do germanizacji. Na miejsce Polaków chcieli osiedlić ok. 60 tys. etnicznych Niemców z innych krajów, głównie z Besarabii, Bośni, Serbii, Słowenii, ZSRS oraz Ukrainy. Wszystko pod hasłem „Heim ins Reich” (Do domu w Rzeszy) i tworzenia na Wschodzie „przestrzeni życiowej” (Lebensraum). Z Ukrainy Niemcy przesiedlali nie tylko swoich etnicznych obywateli, lecz także Ukraińców (Ukraineraktion).

Gdyby nie powstanie zamojskie, ofiar byłoby znacznie więcej. I gdyby nie Elna Gistedt-Kiltynowicz, szwedzka śpiewaczka operowa, która we wrześniu 1939 r. zdecydowała się pozostać w podbitej Warszawie. Z ambasady neutralnej Szwecji wypożyczyła ciężarówkę, którą pojechała na Zamojszczyznę i wykupywała od Niemców polskie dzieci. Zmuszona do wyjazdu w 1949 r. przez komunistów Elna polskim sierotom zapisała przed samotną śmiercią w domu opieki w Szwecji cały swój majątek.