Antonowicz był wyróżniającym się studentem, laureatem Ogólnopolskiej Olimpiady Chemicznej. Wieczorem 19 października 1985 r. w Olsztynie, wraz z dwoma kolegami, został zatrzymany przez patrol milicyjny. Właśnie mijał rok od zabójstwa księdza Jerzego Popiełuszki... Całą trójkę wsadzono do milicyjnego stara, ale po wylegitymowaniu koledzy Marcina zostali puszczeni wolno. Wtedy zaczął się dramat Antonowicza. Kilkanaście minut później znaleziono go nieprzytomnego na ulicy, z silnie krwawiącą raną głowy.

Pogotowie zawiozło pobitego studenta do szpitala w czasie, gdy w izbie przyjęć dyżur pełniła jego matka. Początkowo nie zorientowała się, że przyjmuje własnego syna. Zauważyła charakterystyczny wykonany przez siebie sweter, dopiero potem rozpoznała jego twarz.

W wyniku odniesionych obrażeń 19-latek zmarł, nie odzyskawszy przytomności. Komunistyczne władze rozgłaszały, że jego obrażenia i spowodowana nimi śmierć nastąpiły wskutek ucieczki rzekomo pijanego Antonowicza z jadącego radiowozu.

Polityczna demonstracja

W takie tłumaczenia mało kto wierzył. Odprawiony cztery dni później w Olsztynie pogrzeb Marcina zgromadził 15 tysięcy osób i stał się polityczną demonstracją, oskarżeniem władz o morderstwo. W czasie uroczystości przemawiał rektor uniwersytetu Karol Taylor, czytany był list od Lecha Wałęsy.

SB w Olsztynie podjęła szeroko zakrojone działania: przesłuchiwano uczestników pogrzebu, nagrywano przebieg nabożeństwa i pogrzebu, filmowano uczestników. Śledztwem objęto również kapłanów z całego kraju, którzy w swoich modlitwach wspominali zmarłego.

Prowadzono systematyczny nasłuch zachodnich rozgłośni radiowych. Towarzyszyła temu nasilona kampania w środkach masowego przekazu, dyskredytująca ofiarę komunistycznej zbrodni, w czym szczególnie wykazał się ówczesny rzecznik prasowy rządu Jerzy Urban.
Śledztwo, mające wykazać niewinność milicjantów, prowadzono pod ścisłym nadzorem kierownictwa MSW. Po kilku miesiącach zostało umorzone. Winni tej śmierci nigdy nie zostali ukarani.

W 2007 r. prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Marcina Antonowicza Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.